Modele tap majlesi
Pour identifier les membres de la famille contenant du domaine S. mansoni SCP/TAP, la séquence protéique de Vespula vulgaris WASP Venom AllerGen 5 (Ves v 5, [GenBank: AAA30333]) a été utilisée dans une recherche tBLASTn de S. mansoni ESTs et Phat [25] prédit les gènes de la version 1 du public base de données génomiques de S. mansoni disponible [24]. Treize membres différents ayant une similitude significative avec les séquences de Ves v 5 ont été identifiés, douze provenant de contigs de l`EST et l`autre d`un gène prédit par Phat. Après la confirmation PCR des séquences de l`ADNc dérivé de parasites, ces transcriptions ont été nommées Schistosoma mansoni venin allergène-like transcriptions (SmVAL1-13). Les détails moléculaires de ces treize séquences sont présentés dans le tableau 1.1. Le consensus de modèle caché-Markov (HMM) disponible du domaine SCP/TAP (PF00188; [26]) a ensuite été utilisé dans une recherche de la dernière version de la base de données génomiques (version 4). Cela a identifié 15 membres de la famille supplémentaires avec des domaines SCP/TAP complets, et 7 autres avec des domaines SCP/TAP incomplet. Les détails moléculaires de ces séquences sont présentés dans le tableau Table22. Les structures na-ASP 2 (PDB: 1u53 [13]) et p14a (PDB: 1cfe [8]) ont été utilisées comme modèles pour construire des modèles pour les protéines SmVAL du groupe 1. La structure GAPR-1 (PDB: 1smb, [10]) a été utilisée comme modèle pour la création de modèles de protéine SmVAL du groupe 2.
Un alignement des séquences protéiques a été initialement généré par le logiciel MUSCLE et raffiné manuellement. Les modèles ont été créés à l`aide du logiciel MODELLER [31] et la validité des modèles choisis a été testée avec WHATCHECK et PROSAII [75, 76]. Les modèles ont été visualisés à l`aide de MacPyMOL (DeLano Scientific LLC). Dans cette étude, nous avons identifié vingt-huit gènes S. mansoni codant des protéines contenant des domaines SCP/TAP, nommés SmVAL1-28. L`examen des caractéristiques protéiques et des structures génétiques a révélé deux groupes distincts au sein de la famille des gènes SmVAL et l`analyse phylogénétique a démontré que les protéines SCP/tarauds du groupe 1 et du groupe 2 étaient présentes dans le sous-Royaume métazoan. Nous avons également obtenu des profils d`expression développementale de SmVAL1-13, qui suggèrent que plusieurs des protéines sont impliquées dans l`invasion de l`hôte. De plus, nous avons découvert des épissements alternatifs régulés par le développement dans la région 3 `de SmVAL6. D`autres travaux visent à caractériser fonctionnellement cette famille de protéine schistosome intéressante en termes d`interactions hôte/parasite et parasite/parasite.
À ce jour, la pathogenèse et la pathophysiologie des MTRP et leur rôle dans le MPS demeurent inconnus. Des données ont été publiées suggérant que le MPS est un syndrome douloureux qui peut être aigu ou chronique, et qu`il implique muscle et fascia. Le MTrP reste au centre de son diagnostic, et peut-être son traitement réussi. De nouvelles méthodes de description et d`imagerie du MTrP ainsi que le milieu du MTrP ont suggéré qu`il existe une variété de constatations objectives associées au syndrome et aux MTrPs actifs. le tableau 1 compare les contributions de compréhension du MTrP. En l`absence de fonctions biologiques pour la famille SmVAL, on ignore actuellement pourquoi les duplications géniques ont persisté. Toutefois, des arguments peuvent être avancés pour les trois principales conditions évolutives pour la rétention des copies – augmentation bénéfique de la production, de la subfonctionnalisation ou de la néofonctionalisation [58]. La quantité supplémentaire d`un produit de gène de SmVAL acquise par deux copies de gène pourrait être avantageuse malgré la redondance fonctionnelle entre les deux protéines.